L'espionnage est cependant vite devenu seulement un des aspects du monde complexe qu'affrontaient les Canadiens chargés du renseignement. Les années 1960 ont apporté des défis d'un genre complètement différent. Au Québec, le Front de libération du Québec (FLQ) a recouru à l'assassinat, à l'enlèvement, à l'explosion de bombes et à d'autres actes terroristes pour atteindre son objectif politique. D'autres événements, comme le débat sur le déploiement d'armes nucléaires en sol canadien, la participation croissante des États-Unis à la guerre du Vietnam et l'évolution d'un mouvement de paix énergique présentaient un potentiel de subversion, de violence motivée par la politique et d'activités influencées par l'étranger. Il fallait identifier les menaces potentielles, mais pour maintenir préserver la démocratie dont jouissaient les Canadiens, il fallait également protéger scrupuleusement le droit à la dissidence politique légitime.

Ces tâches étaient rendues encore plus complexes par la combinaison contradictoire des priorités et des responsabilités quant aux enquêtes dans le domaine du renseignement de sécurité comparativement au travail de la police. Deux commissions distinctes, l'une présidée par le juge Mackenzie, en 1969, et l'autre par le juge McDonald, en 1977, ont recommandé de séparer les fonctions de renseignement de sécurité de celles de la GRC et de former un service civil qu'on chargerait de ces fonctions. Les deux commissions ont reconnu que le problème d'équilibrer le besoin d'obtenir des renseignements de sécurité exacts et efficaces, d'une part, et le respect des droits et des libertés démocratiques, d'autre part, ne pourrait se résoudre de façon appropriée tant que les responsabilités en matière de renseignement de sécurité resteraient entre les mains de la police fédérale.