Plus de 20 ans après sa création, le SCRS est devenu un organisme extrêmement différent de celui de 1984. La transition depuis un modèle d'application de la loi à un autre qui se concentre sur la collecte de renseignements et sur l'antiterrorisme s'est opérée à la fin des années 1980 et au début des années 1990.
Sous la direction de Ward Elcock, de 1994 à 2004, le Service a mûri pour devenir un organisme expérimenté, hautement discipliné et très efficace. Il a ajusté ses priorités pour répondre aux nouvelles menaces, tant en Amérique du Nord qu'à l'étranger. On a accordé beaucoup d'importance à l'échange de renseignements. Le SCRS entretient maintenant des relations avec plus de 200 organismes dans le monde.
Entre-temps, la Loi sur le Service canadien du renseignement de sécurité a survécu à l'épreuve du temps. Elle continue de remplir sa fonction, qui est de protéger les droits des Canadiens.
En novembre 2004, Jim Judd a été nommé directeur du SCRS, remplaçant le directeur par intérim Dale Neufeld. En juin 2009, Richard B. Fadden à été nommé directeur du SCRS.